En la época prehispánica, Zapotitlán llevó el nombre de Cuthá, término que en lengua popoloca significa “máscara”; la tradición local cuenta que el nombre se debe a que la elevación donde se asentaba el poblado, vista de perfil, toma la forma de una máscara. En el siglo XVI, los franciscanos pusieron al pueblo bajo la advocación de san Martín obispo, de allí que en la actualidad lleve el nombre de San Martín Zapotitlán, aunque es mejor conocido en la región como Zapotitlán Salinas, debido a la explotación y beneficio que los pobladores hicieron de las aguas salobres del río Zapotitlán desde épocas remotas.
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