El área de estudio tiene topografía variada, con una amplia planicie aluvial formada por aportaciones pleistocénicas del río Sonora al sur, del río Concepción al norte y por algunos sistemas lagunares ahora secos. También existen porciones más accidentadas, con elevaciones bajas muy erosionadas y agrietadas, relictos de un batolito mesozoico que se levanta paralelamente a la línea de costa. Entre Hermosillo y Guaymas hay un malpaís volcánico de derrames basálticos e ignimbríticos pliopleistocénicos. La complejidad del territorio se acrecenta con la inclusión de un sistema insular formado por las islas Tiburón y San Esteban.

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